Mit dem freien Werkzeug pdftk können auf der Kommandozeile ganz einfach mehrere PDF-Dateien zusammengefügt werden:
pdftk 1.pdf 2.pdf 3.pdf cat output Zusammengeführt.pdf
Dieses Kommando hängt den Inhalt der PDF-Dateien 1.pdf, 2.pdf und 3.pdf (in dieser Reihenfolge) hintereinander und speichert das Resultat in Zusammengeführt.pdf.
cat und output müssen bei diesem Kommando immer gleich bleiben und müssen zwischen Eingabe- und Ausgabedateien stehen.