matblas-Substitutionsmatrizen in Python lesen

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
from __future__ import with_statement
import numpy

__author__  = "Uli Köhler"
__license__ = "Apache License v2.0"
__version__ = "1.0"

def readMatblasAlignmentMatrix(filename):
    """
    Liest eine Substitutionsmatrix im matblas-Format.

    Keyword-Argumente:
        filename: Der Dateiname, aus dem die Matrix gelesen werden soll

    Gibt ein Tupel (Spalten-/Zeilen-Liste, numpy-Substitutionsmatrix) zurück
    """
    with open(filename) as infile:
        currentRow = 0
        for line in infile:
            if line.startswith("#"): continue
            elif line.startswith(" "): #Spaltenindikator
                columns = line.split()
                matrix = numpy.empty((len(columns), len(columns)), dtype=numpy.int32)
            else: #Matrixzeile
                parts = line.split()
                assert(len(parts) == len(columns) + 1)
                #Annehmen, dass Zeilen in derselben Reihenfolge wie Spalten sind
                assert(columns[currentRow] == parts[0])
                matrix[:,currentRow] = parts[1:]
                currentRow += 1
        return (columns, matrix)