Problema
Mientras ejecutas un modelo PySB, ves un mensaje de error como
error-output.txt
Exception: The program BioNetGen was not found in the default search path(s) for your operating system:
/usr/local/share/BioNetGen
/usr/bin
/home/user/.local/bin
/home/user/.pyenv/shims
/home/user/.pyenv/bin
/usr/local/sbin
/usr/local/bin
/usr/sbin
/sbin
/bin
/usr/games
/usr/local/games
/snap/bin
Instálalo en una de esas rutas, o establece una ruta personalizada usando la variable de entorno BNGPATH o llamando a la función pysb.pathfinder.set_path()
Los usuarios de Conda pueden instalar BioNetGen usando el siguiente comando:
conda install -c alubbock bionetgenSolución
Primero, clona BioNetGen del repositorio oficial a una carpeta de tu elección. En este ejemplo, usaremos ~/bionetgen:
clone-bionetgen.sh
git clone --depth 1 -b BioNetGen-2.9.2 https://github.com/RuleWorld/bionetgen.gitLuego, antes de ejecutar cualquier código pysb, establece la variable de entorno BNGPATH a la ruta donde clonaste BioNetGen insertando el siguiente código Python:
set-bngpath.py
import os
import os.path
os.environ['BNGPATH'] = os.path.expanduser('~/bionetgen/bng2')¡Ten en cuenta que BNGPATH debe estar establecido a la subcarpeta bng2 del repositorio BioNetGen clonado!
Vuelve a ejecutar todo tu programa - ahora, el error debería haber desaparecido.
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