Dados brutos do PubChem estão hospedados nos servidores NCBI que fornecem acesso conveniente usando rsync.
Baixe dados do PubChem usando um comando rsync como
download_pubchem_rsync.sh
rsync -Pav ftp.ncbi.nlm.nih.gov::pubchem/Compound/CURRENT-Full/SDF/\*.gz pubchem/Este comando de exemplo baixará todos os compostos atuais em formato SDF.
Você pode explorar a estrutura de diretórios do PubChem acessando o servidor FTP NCBI usando seu navegador.
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