Следует ли использовать SPIFFS или LittleFS?

Для новых проектов вы должны использовать исключительно LittleFS, точка.

Единственная причина, по которой вы вообще использовали бы SPIFFS, — если у вас есть данные, хранящиеся на SPIFFS, и вы не можете легко мигрировать на LittleFS.

LittleFS просто лучше SPIFFS во всех отношениях, а SPIFFS в какой-то момент времени всё равно будет устаревшим.